ศูนย์พัฒนาโครงการหลวงขุนแปะก่อตั้งเมื่อปีพ.ศ. 2527 ตามพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เพื่อช่วยเหลือชาวเขาเผ่ากะเหรี่ยงและม้ง ให้ได้รับการดูแลในด้านสาธารณูปโภคที่เพียงพอ ลดปัญหาการบุกรุกป่าทำไร่เลื่อนลอย และขจัดปัญหาการปลูกฝิ่น โดยสร้างอาชีพหลักทดแทน พระองค์ทรงมีพระกระแสรับสั่งให้มูลนิธิโครงการหลวงโดยหม่อมเจ้าภีศเดช รัชนี ประธานมูลนิธิโครงการหลวง เสด็จสำรวจพื้นที่และสภาพความเป็นอยู่เพื่อให้ความช่วยเหลือชาวบ้านจำนวน 14 หมู่บ้าน ลักษณะภูมิประเทศส่วนใหญ่เป็นภูเขาสูงชัน