เป้าหมายหลักของการตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ก็คือ การสร้างหลักประกันความมั่นใจให้กับผู้บริโภคที่ต้องการบริโภคผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ และการช่วยให้ผู้บริโภคสามารถเลือกซื้อหาผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ได้อย่างถูกต้อง ด้วยการสังเกตุจากตรารับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ การตรวจสอบรับรองจึงเป็นกลไกที่ช่วยเอื้อประโยชน์ให้กับทั้งเกษตรกรและผู้บริโภค โดยเฉพาะเมื่อตลาดเกษตรอินทรีย์เริ่มขยายตัว มักจะมีผู้ผลิตบางรายที่ไม่ได้ทำเกษตรอินทรีย์จริง แต่กลับกล่าวอ้างว่าเป็นเกษตรอินทรีย์ การกระทำดังกล่าวสร้างความสับสนและความไม่เชื่อถือต่อเกษตรอินทรีย์โดยรวม นอกจากนี้ ผู้บริโภคจำนวนมากไม่มีโอกาสที่จะได้พบปะโดยตรงกับเกษตรกร หรือมีโอกาสในการสอบถามถึงขั้นตอนการผลิตได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้บริโภคที่อยู่ห่างไกลออกไป ดังนั้นการรับรองมาตรฐานจึงเป็นสิ่งจำเป็น เพราะเป็นการสร้างหลักประกันให้กับผู้บริโภคได้รับรู้ว่า ผลิตภัณฑ์ใดบ้างที่มีการผลิตตามกระบวนการเกษตรอินทรีย์จริง